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何謂硝化菌?
新設缸在無硝化菌的新環境下需要經過一個培養硝化系統的時程，一般需大約30天到45天左右，硝化菌之所以重要，在於牠能將水中的有毒物質：氨(NH3)分解掉。氨(NH3)是由魚隻的排泄物，或者餵食過多所產生的殘餌產生，氨(NH3)的存在會對魚、水草，甚至可以說魚缸中的所有生物，構成相當的危害，只要超出安全濃度(約零點五ppm)即可能造成生物的死亡。硝化菌可以藉由硝化作用將氨氧化成仍然具有毒性的亞硝酸鹽，再將亞硝酸鹽轉變為毒性相當低的硝酸鹽(NO2)，讓生物遠離生命的威脅，因此稱為硝化作用，由於硝化菌在此階段會消耗缸中的氧氣，所以稱硝化菌為好氧菌（附著於濾材表面，需溶氧量高環境），如果硝化菌能夠在您的魚缸中順利成長，則相信魚兒就不會中毒死亡。
經過硝化作用後的產物即是硝酸鹽，雖然毒性沒那麼強，水草的生長還需要硝酸鹽當作肥料，但是只要在濃度50ppm以上，水中過多的營養就很有可能造成藻類橫生的現象，並可能造成生物生長的遲緩。所以，我們除了在魚缸中培養硝化菌之外，也要培養光合菌又稱厭氧菌（附著於濾材底層，需溶氧量低的環境），厭氧菌的功能是將硝酸鹽經過脫氮作用分解成氮氣散失在空氣中，讓水中的藻類不至於生長。其實如果不培養厭氧菌，而利用增加換水的次數降低硝酸鹽濃度是大多數人常用的方法。
厭氧菌之所以稱為〝厭氧〞，在於其喜歡生長在氧氣濃度低的環境，所以在過濾器方面，如果選用圓桶過濾器，其所能培養的厭氧菌理論上會大於滴流式的上部過濾器，不過滴流式的上部過濾器，其能培養大量的硝化菌則效果是大於圓筒型過濾器的。
許多人常遇到的情況是發現魚缸中水質開始呈白霧現象，水質出現惡臭或魚腥味等等，皆是因為硝化系統不夠健全，不足以應付這麼多污染源，於是水質開始崩解。硝化菌確實可以分解排泄物，但是餵食過量，排泄量過大或者久未換水，又或者魚隻數量密度過高，就算倒大量的硝化菌，也無法去除氨氣，所以視飼養情況取得一個平衡狀態，換水的目的，主要是讓水中氨及硝酸鹽減少，該換水就要換，該健立及補充硝化菌就要添加，不能只是單方面調整而已。養魚最重要就是水，水質的保持穩定，硝化菌健全是養魚成功的不二法門。
