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何谓硝化菌?
新设缸在无硝化菌的新环境下需要经过一个培养硝化系统的时程，一般需大约30天到45天左右，硝化菌之所以重要，在于它能将水中的有毒物质：氨(NH3)分解掉。氨(NH3)是由鱼只的排泄物，或者喂食过多所产生的残饵产生，氨(NH3)的存在会对鱼、水草，甚至可以说鱼缸中的所有生物，构成相当的危害，只要超出安全浓度(约零点五ppm)即可能造成生物的死亡。硝化菌可以藉由硝化作用将氨氧化成仍然具有毒性的亚硝酸盐，再将亚硝酸盐转变为毒性相当低的硝酸盐(NO2)，让生物远离生命的威胁，因此称为硝化作用，由于硝化菌在此阶段会消耗缸中的氧气，所以称硝化菌为好氧菌（附着于滤材表面，需溶氧量高环境），如果硝化菌能够在您的鱼缸中顺利成长，则相信鱼儿就不会中毒死亡。
经过硝化作用后的产物即是硝酸盐，虽然毒性没那么强，水草的生长还需要硝酸盐当作肥料，但是只要在浓度50ppm以上，水中过多的营养就很有可能造成藻类横生的现象，并可能造成生物生长的迟缓。所以，我们除了在鱼缸中培养硝化菌之外，也要培养光合菌又称厌氧菌（附着于滤材底层，需溶氧量低的环境），厌氧菌的功能是将硝酸盐经过脱氮作用分解成氮气散失在空气中，让水中的藻类不至于生长。其实如果不培养厌氧菌，而利用增加换水的次数降低硝酸盐浓度是大多数人常用的方法。
厌氧菌之所以称为〝厌氧〞，在于其喜欢生长在氧气浓度低的环境，所以在过滤器方面，如果选用圆桶过滤器，其所能培养的厌氧菌理论上会大于滴流式的上部过滤器，不过滴流式的上部过滤器，其能培养大量的硝化菌则效果是大于圆筒型过滤器的。
许多人常遇到的情况是发现鱼缸中水质开始呈白雾现象，水质出现恶臭或鱼腥味等等，皆是因为硝化系统不够健全，不足以应付这么多污染源，于是水质开始崩解。硝化菌确实可以分解排泄物，但是喂食过量，排泄量过大或者久未换水，又或者鱼只数量密度过高，就算倒大量的硝化菌，也无法去除氨气，所以视饲养情况取得一个平衡状态，换水的目的，主要是让水中氨及硝酸盐减少，该换水就要换，该健立及补充硝化菌就要添加，不能只是单方面调整而已。养鱼最重要就是水，水质的保持稳定，硝化菌健全是养鱼成功的不二法门。
